El Museo Histórico de Buenos Aires Cornelio de Saavedra nació el 6 de octubre de 1921, bajo el nombre de Museo Municipal de Buenos Aires. Así se concretó el deseo de Ricardo Zemborain (1872-1912), quien por voluntad testamentaria legó sus colecciones artísticas e históricas a la entonces Municipalidad de la Ciudad de Buenos Aires. Su primera sede funcionó en la planta alta de Corrientes 939. En 1936, debido al ensanche de la calle Corrientes, se trasladó a Cerrito 281, y en mayo de 1937, a Quintana 84-88.
En 1941, la Comisión Interventora de Vecinos del Concejo Deliberante resolvió destinar "el edificio existente en la ex estancia Saavedra para sede del Museo" y denominarlo "Cornelio de Saavedra".
La chacra donde se estableció el Museo perteneció al sobrino de Cornelio de Saavedra, Luis María Saavedra. Contaba con una casa principal, cuya construcción se concretó entre 1870 y 1880. Ejemplo típico de la villa de familia pudiente, de arquitectura italianizante, la planta poseía la forma de una "U", con techos de azotea con pretil y un pórtico de líneas corintias. Tenía también dependencias para el personal de servicio, vivienda para el mayordomo, cocheras, galpones para la cría de toros y caballos, y corrales para ovejas, cabras y cerdos, un hermoso palomar y un tambo.